Muchas Gracias por contestar y hacerlo tan detalladamente.
Las dos capturas adjuntas no parecen coincidir o corresponderse los datos, o al menos no lo he encontrado. Supongo que el principal problema es que los datos de las primeras filas, cabeceras de columnas las situa en una primera columna. Es ese el principal error?
(Una pena que no se puedan adjuntar PDFs para repetir las pruebas).
Respecto a las versiones de Acrobat Pro, la de prueba y la final parece que ambas eran la XI?
La versión actual es la 11.0.03. Si lo consultas en Ayuda > Acerca de, te lo indica.
Aunque no debería haber diferencias, al adquirir el producto, recibiste un no. de serie, se lo aplicaste a la versión de prueba que usabas? o la desinstalaste e instalaste otra, de otro lugar, de un DVD? ....
Te queda la solución de comprobar que tienes la última versión instalada (Ayuda Acerca de) o descargar actualizaciones en Ayuda>Buscar Actualizaciones.
Se me ocurre que puedes 1º desactivar (IMPORTANTE) la versión que tienes ahora y desinstalarla, reiniciar el PC, volver a instalar la anterior, de prueba, y aplicarle el no. de serie recibido, debería funcionar como lo hacía antes. (Aunque no sé donde estaría la diferencia, si ambas fueran la misma versión).
En el menú Edición>Preferencias (Ctrl+K) hay una Categoria: Convertir desde PDF, a la derecha tienes los formatos. Escoge Excel Wokbook, hay una tecla a la derecha de Editar ajustes, mira si son correctos o qué ocurre al cambiar alguno de ellos.