Espero que aqui encuentres la respuesta, dadas las diversas opciones o posibilidades para subir archivos desde Muse a un ftp:
http://helpx.adobe.com/es/muse/tutorials/using-third-party-ftp-client- upload.html#id_49289
Personalmente yo ya habría probado (los primeros) y si funcionan o no, seguramente lo descubro en cuestión de segundos.