Disculpa pero no acabo de entender el caso.
Se trata de PDFs protegidos que se abren con contraseñas?
No es recomendable tener instalados a la vez dos versiones de Acrobat ni un Professional y un Adobe Reader.
Por otro lado no sé porqué quieres abrirlos con el Reader y no el Pro (quizás prque se abren más rápido?)
Tampoco estoy seguro de entender como has predeterminado que se abran en el Reader, (cuando pulsas sobre un PDF cualquiera con el botón dcho. la primera opción es Abrir con Acrobat Reader?)
Tiens por cierto la opción con el botón derecho de abrirlos con IExplorer, Firefox, Chrome…?
Porque no puede abrirlos?, tiene relación con una posible protección por contraseña?