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Me temo que necesitarás utilizar un Javascript con dos acciones:

Sobre una copia de tus PDFs, que primero extraiga las dos primeras páginas de cada PDF

y segundo que efectúe el OCR, no perdiendo tiempo en contenidos de páginas que se descartaría.

Mira también en esta página si encuentras algo útil:

Actions Exchange

http://acrobatusers.com/actions-exchange?trackingid=JZXYQ

concretamente tienes una llamada:

Extract Pages 1 & 2

También tienes ahí un tutorial:

OCR multiple files at once using Acrobat 9

http://acrobatusers.com/tutorials/ocr-multiple-files-once-using-ocr-mu ltiple-feature

En esa página puedes tambien efectuar preguntas especializadas.

Si esto responde a tu pregunta, márcala por favor como contestada para facilitar su consulta a otros usuarios.