El mecanismo es común, el mismo.
Originalmente era un formato de exportar pensando en compatibilidad con versiones anteriores principalmente.
Al guardar como el formato mantiene (se supone) la integridad al abrirlo de nuevo en las versiones más recientes.
Aunque no incluye los archivos enlazados, ni las fuentes.
Podrías precisar qué versión -exacta- de InDesign generas el .IDML, y en que versiones de InDesign se ha guardado de nuevo como .idml?
Pide que siempre que guarden como .idml, exporten a PDF interactivo o de imprenta para poder comparar y verificar que se ha editado el .idml enviado.