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No creo que haya ningun error de funcionamiento, si en un documento de AI creas un rectángulo de 300px de lado cuando creas un documento nuevo en Photoshop a partir de la información en el Portapapeles, el nuevo documento tiene también esa medida de 300px.
El problema existe si cambias de unidades en Photoshop, ANTES de cambiar la resolución.
ya que 300px a una resolución de 72px/pulgada vienen a ser 4inches, unos 10cm, en cambio a 300px/pulgada tienes 1 pulgada o sea 2,54cm.
(si la medida la hubieramos tomado en cm. en Ai, sería lo mismo)