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Hay ocasiones en que aparece algun error (bug) en cualquier programa o éste no responde por muy diversas razones.
Qué versión es de InDesign (para verlo pulsa la tecla Ctrl y Ayuda>Acerca de InDesign).
Ocurre con cualquier documento? Es algo constante?
Que ocurre si creas otro objeto y vuelves a seleccionar el anterior?
Que ocurre si creas otro color?
Puedes acceder al menu lateral del panel de Color (F6)? Si puedes cambiar a RGB y luego volver a CMYK, reaparecen los ajustes de cada color?
Independientemente de esta forma (poco aconsejable) de crear colores, has probado a utilizar el comando del menu lateral de Muestras (de color): Crear Muestra de Color, puedes ahí ajustar los porcentajes? Las muestras son colores que se pueden aplicar en varios objetos, y si se ajustan sus porcentajes el color de todos los elementos se reajusta.