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Podrías explicar lo de "me mueve el formato de la tabla?
no se que quiere decir exactamente.
Yo creo que se trata del mismo comando de menú que usabas antes
A partir de PDFs similares, el resultado es peor?
Los PDFs estan construidos correctamente a aprtir de archivos de Excel?
El análisis o criterios que utiliza Acrobat para convertir y exportar a otro formato necesita cierta información o estructura en el PDF, si carece de ella, es difícil o improbable que el resultado sea el deseado.
Si pudieras adjuntar capturas de parte del PDF y de parte de la tabla en formato Excel creado, ...