El hecho de que un programa sea de pago (lo habitual) no quiere decir que sea perfecto o que funcione en cualquier circunstancia. Supongo que tiene garantía y soporte técnico directo de Adobe.
Si quieres que te ayudemos en este foro:
El PDF contiene tablas? no serán imágenes? Lo digo por el tamaño. entiendo que de todas formas el programa o servicio aplica un OCR a imágenes escaneadas.
Puedes ver en el menú Archivo>Propiedades, la aplicación que lo ha creado? Si no lo has hecho tú?
Puedes aportar alguna información o dato sobre esos archivos? Origen, cómo se han creado?
Puedes adjuntar un jpg de una página cualquiera?