\
En qué formato estan los videos, mp4 (H.264)? Perfecto y al abrirlo con Acrobat Reader para iOS no funcionan. La razón es que todavía Adobe no ha incluido esa opción en el programa.
Alternativa: Instalar PDFEXpert, es un lector de PDFs, vale unos 4 euros, aunque intenta comprobar primero que funciona realmente.
Otra posibilidad comentada es abrir Dropbox para acceder al PDF interactivo en el iPad. Al parecer Dropbox si reproduce el video si se visualiza en Dropbox.