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No precisas donde quieres que funcione el hipervinculo (supongo que externo), en InDesign? Ciertamente no, lo hará en el PDF generado correctamente.
Indesign tiene un panel de hipervínculos donde comprobar los establecidos o incluidos en objetos (PDFs) colocados como vínculos en las páginas.
Un consejo final: Sigue algun curso o método, no intentes aprender probando, perderás un tiempo enorme, no corregiras procedimientos inapropiados ni adquirirás las técnicas correctas.