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Paso 1, colocas PDFs con hipervínculos (HL) en InDesign. En el panel de HL se ven los enlaces?
Una vez colocados los PDFs, cómo haces el PDF? Exportando a PDF? a PDF de imprenta o a PDF interactivo? (a todo esto qué versión de Indesign estás usando)?
No acabo de entender porque haces 2 veces PDFs, haces un PDF de varios PDFs pequeños y luego ese PDF "grande" lo combinas con otros similares para montar la revista?
porque no montas la revista directamente de una sola vez? Con la técnica que usas en el caso 2 (si el 1 no funciona) agrupa PDF e HL y muevelo o adaptalo en otra página.