Utilizando el mismo archivo de InDesign debería dar el mismo resultado (al menos visual, y seguramente también de tamaño) ya que no recuerdo cambios en esa área.
Puedes comprobar si con ese archivo abierto, el Espacio de Fusión de Transparencias (menu Edición) tienes seleccionado RGB de documento? me temo que en CS4 tienes (cuando sale diferente) CMYK de dcoumento. Compruebalo por favor cuando tengas un momento.