Creo que no, por la razón de que Apple ofrece esta aplicación de forma gratuita para publicar libros en un formato propio en su propio sistema, Apple store, iTunes,..., es decir sin salir de sus "ecosistema".
Por otro lado según tengo entendido, esos archivos, con interesantes opciones, son bastante grandes.
Quizás resultase más práctico crear EPUBs primero desde InDesign, convertir entonces a .mobi. Y de alguna forma aprovechar parte de los contenidos para crear los ibooks de Authors.