El problema puede ser de hardware o del software,
En el primer caso, puedes detallar algo sobre tu MacBook Pro, como la memoria RAM, asi como el espacio de disco duro disponible (libre) y la velocidad de rotación de este?
Si no entiendo mal, hasta hace tres días te funcionaba correctamente, y dejó de hacerlo, se ralentizó de pronto? Habías hecho algun cambio o actualización en esos días?
Tienes algun disco externo o memoria USB externa desde la que leer algun PDF y comparar? Lee ahora más lento o lo hace igual que tiempo atrás? Funciona mejor que los PDFs del disco duro? Has probado a vaciar la papelera?