El problema es que no tienes un documento de 64 páginas.
Como estás imprimiendo a PDF, por cierto utiliza como impresora Adobe PDF, no esa opción de Microsoft print to PDF. Puedes?
Bien al hacer el PDF al final aparecen intercaladas algunas páginas con otras en blanco como te anuncia, 13 blank pages.....
2Up Perfect Bound son dos paginas en la misma cara del papel y otras dos por detrás que al doblarse por la mitad forma parte de Signatures de 4, 8, 12, 16 o 32 páginas.
Si te dás cuenta (númera las páginas de tu documento) pone juntas la 16 y 1 (1a. signatura) y luego la 32 y 17 (2a. Signatura), la 48 con la 33 y por último la 64 con la 49.
Detrás de 64-49, coloca unidas la 50-63, luego van la 62-51 y la 52-61, si no me equivoco, que quiere decir esto? Pues que al ir alternando la posición e ir colocandode la primera a la última del grupo que estan en blanco te aparecen blancas intercaladas.
Cómo resolverlo, pues haciendo lo que has hecho pero pon en Signature: 4,
Si las dos últimas quedan mal, haz que el docuemnto tenga siempre páginas múltiplo de 4.
Si al final alguna en blanco se intercala, pues mueve los contenidos de una página a otra en blanco para que luego casen bien.